Sejarah universitas ini dimulai pada tahun 1960, ketika didirikan sebagai Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Makassar. Menurut Prof. Dr. Aminuddin Adam, seorang sejarawan pendidikan Islam, pendirian STAIN Makassar pada saat itu merupakan upaya untuk memperkuat pendidikan agama Islam di wilayah tersebut.
Pada tahun 1963, namanya diubah menjadi Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Alauddin Makassar. Hal ini sejalan dengan perkembangan lembaga tersebut yang semakin berkembang dan menawarkan berbagai program studi terkait dengan ilmu agama Islam. Menurut Prof. Dr. M. Amin Abdullah, seorang pakar pendidikan Islam, perubahan nama ini juga mencerminkan transformasi IAIN Alauddin Makassar menjadi lembaga pendidikan Islam yang lebih komprehensif.
Pada tahun 2005, IAIN Alauddin Makassar resmi menjadi Universitas Islam Negeri Alauddin Makassar. Prof. Dr. H. M. Arifin, seorang ahli sejarah pendidikan Islam, menyebutkan bahwa perubahan status ini menandai pencapaian yang luar biasa bagi universitas tersebut dalam meningkatkan kualitas pendidikan dan penelitian di bidang agama Islam.
Sejak saat itu, Universitas Islam Negeri Alauddin Makassar terus berkembang pesat dan menjadi salah satu universitas ternama di Indonesia. Dengan berbagai program studi yang ditawarkan, universitas ini terus berupaya memberikan kontribusi yang positif bagi masyarakat dan bangsa.
Sejarah universitas ini memang penuh dengan perjuangan dan prestasi. Dengan semangat keislaman yang kuat, Universitas Islam Negeri Alauddin Makassar terus berkomitmen untuk menjadi lembaga pendidikan yang unggul dan berdaya saing di tingkat nasional maupun internasional.